Ich selbst habe eine sehr lange Zeit immer den Apache Webserver genutzt, da dieser meiner Meinung nach am meisten bereitstellt.
Daraus ergibt sich aber das Problem, dass der Apache recht "dick" geworden ist, und nicht unbedingt für jeden Server genutzt werden kann.
Als gute Alternative habe ich den "lighttpd" kennen gelernt. Er benötigt aber ein höheres Wissen in der Administration und Implementation von PHP, welches über FastCGI eingebunden wird und nicht als eigenes Modul.
Je nach Ansturm kann es hier Unterschiede in der Performance geben.
PHP5 sollte obligatorisch sein.
Die 4er Version wird nicht mehr unterstützt, und die OOP ist ab PHP5 um einiges besser geworden.
Bei MySQL würde ich ebenfalls auf die aktuelle 5er Serie setzen. Hier ist es vielleicht sogar ein Gedanke wert sich den MySQL-Server selbst zu kompilieren, da man so das default charset von latin1_swedish_ci auf UTF-8 umstellen kann.
Bei der Frage welches OS man nehmen soll, gibt es unterschiedlichste Aspekte.
Ich selbst habe sehr lange immer Debian für meine Server genommen, da es sehr stabil läuft. Der Nachteil hier ist aber, dass der Kernel und viele zusätzliche Softwarepakete nicht auf dem aktuellen Stand sind, dafür laufen die Komponenten aber sehr sicher und zuverlässig.
Die Performance sollte aber bei allen OSsen ähnlich sein.
Ich denke, dass da die Wahl der CPU, RAM und der Webserversoftware eine größere Rolle spielen